기업부설연구소 및 연구개발전담부서 인정
기업의 R&D 전담조직을 국가가 인정하고 세제 등 혜택을 주는 제도
발급·주관 · 한국산업기술진흥협회(KOITA): 과학기술정보통신부 위탁
제도 개요
일정한 인적·물적 요건을 갖춘 기업의 연구개발 전담조직을 신고·인정해 R&D 세액공제 등 지원혜택을 부여하는 제도입니다. 인정 유형은 기업부설연구소와 연구개발전담부서 두 가지로, 연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상이면 설립할 수 있어 진입장벽이 낮은 반면, 기업부설연구소는 규모별 차등 인원요건을 충족해야 하지만 지방세 감면·전문연구요원(병역특례) 등 추가 혜택이 주어집니다.
주요 혜택
연구·인력개발비 세액공제
연구소·전담부서에 신고된 연구전담요원 인건비와 연구비에 대해 법인세·소득세를 공제받습니다(공제율은 기업 규모에 따라 차등 적용).
연구·시험용 시설 투자세액공제
연구개발용 설비·장비 투자액에 대해 통합투자세액공제를 적용받을 수 있습니다.
연구원 연구활동비 비과세
연구전담요원이 받는 연구보조비·연구활동비 중 일정액(월정액 한도)이 소득세 비과세 대상입니다.
지방세 감면 (기업부설연구소)
연구소용 부동산에 대한 취득세·재산세를 일정 비율 경감받을 수 있습니다.
전문연구요원(병역특례) 자격
기업부설연구소는 병무청·KOITA 심사를 거쳐 전문연구요원 병역지정업체로 선정될 수 있습니다.
정부 R&D 참여 우대
국가연구개발사업 참여 자격이 부여되고, 다수 과제에서 신청 필수요건 또는 평가 가점으로 작용하며 정책자금 심사에서도 우대됩니다.
자격요건
- [기업부설연구소] 대기업 연구전담요원 10명 이상, 중견기업 7명, 중기업 5명, 소기업 3명 이상(창업 3년 이내 소기업은 2명 이상).
- [기업부설연구소 특례] 벤처기업 및 연구원·교원 창업기업은 연구전담요원 2명 이상.
- [연구개발전담부서] 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상.
- 연구전담요원 자격: 자연계 학사 이상 또는 기사 이상이 원칙이며, 중소기업은 전문학사+연구경력 등 완화 기준이 적용됩니다.
- 물적요건: 사방이 고정된 벽체로 구분되고 별도 출입문을 갖춘 독립된 연구공간을 확보해야 합니다(중소·벤처기업 등은 전용면적 50㎡ 이하일 때 칸막이 구분 허용).
- 연구공간 내 연구개발 전용 기자재를 갖추고, 연구전담요원은 연구개발 업무만 전담(겸직 불가)해야 합니다.
신청 절차
- 1
요건 사전 구비(선설립)
신고 전에 연구개발 전담조직 구성, 연구전담요원 인사발령, 독립 연구공간·기자재를 먼저 갖춥니다.
- 2
시스템 로그인
신고관리시스템(rnd.or.kr)에 접속해 본점 사업자번호와 기업용 공동인증서로 로그인합니다.
- 3
온라인 신고서 작성
회사·대표자 정보, 연구원 현황, 연구시설·장비 현황, 연구개발활동 개요 등을 입력합니다.
- 4
구비서류 첨부·제출
필요 서류를 파일로 첨부해 온라인으로 제출합니다.
- 5
검토·심사 및 보완
협회가 인적·물적 인정요건 충족 여부를 심사하고, 미비사항이 있으면 보완 자료를 추가 제출합니다.
- 6
인정서 발급
요건 충족 시 인정서(신고증)가 발급되며, 이후 사후관리가 시작됩니다(법정 처리기간 7일).
필요서류
- 기업부설연구소(연구개발전담부서) 신고서 등 법정 서식
- 사업자등록증 사본
- 연구전담요원 학위(졸업)증명서·자격증 사본 및 경력증명서
- 연구전담요원 4대보험 가입증명 등 재직 증빙
- 연구공간 도면(층 전체 및 내부)과 연구소 내부·출입구 현판 사진
- 연구용 기자재 목록
- 회사 조직도 및 연구소(전담부서) 조직도, 임차 시 임대차계약서
유효기간
별도의 유효기간이나 정기 갱신 의무는 없으며, 인정요건을 계속 유지하는 한 효력이 지속됩니다. 다만 신고사항(회사명·소재지·인력·연구공간 등)이 바뀌면 14일 이내에 변경신고를 해야 하고, 요건 미달 시 직권취소될 수 있습니다.
※ 정책·세제·요건은 매년 달라질 수 있습니다. 정확한 기준은 신청 전 공식 출처 또는 센터 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
자주 묻는 질문
Q. 연구전담요원은 최소 몇 명이 필요한가요?
연구개발전담부서는 규모와 무관하게 1명 이상, 기업부설연구소는 소기업 3명(창업 3년 이내 소기업·벤처·연구원창업기업 2명), 중기업 5명, 중견기업 7명, 대기업 10명 이상이 필요합니다.
Q. 기업부설연구소와 연구개발전담부서는 무엇이 다른가요?
두 제도 모두 연구·인력개발비 세액공제는 동일하게 적용되지만, 전담부서는 1명만으로 설립 가능해 진입이 쉽고, 연구소는 인원요건이 높은 대신 지방세 감면·전문연구요원(병역특례)·국가 R&D 참여 등 추가 혜택을 받을 수 있습니다.
Q. 소규모 기업이나 창업기업도 설립할 수 있나요?
가능합니다. 연구개발전담부서는 자격을 갖춘 연구전담요원 1명과 독립된 연구공간만 갖추면 신고할 수 있고, 창업 3년 이내 소기업은 대표이사의 연구전담요원 겸직도 허용되어 진입 부담이 낮습니다.
Q. 대표이사도 연구원으로 등록할 수 있나요?
최초 창업 후 3년까지는 연구원 자격이 있는 대표는 등록 가능합니다.
Q. 연구원의 전공이나 학력에 제한이 있나요?
연구전담요원은 관련 법령 및 인정기준에 따른 학력·자격 또는 경력요건 등을 충족해야 합니다. 업종과 기업규모 등에 따라 적용기준이 달라질 수 있습니다.
Q. 연구소와 일반 사무공간을 같이 사용할 수 있나요?
연구공간은 연구개발 활동을 위한 독립성이 확보되어야 합니다. 일정 규모 이하 연구공간 등에 대해서는 별도 기준이 적용될 수 있으므로 공간구획과 도면을 사전에 확인하는 것이 좋습니다.
Q. 소규모 기업은 연구개발전담부서부터 설립하는 것이 좋나요?
연구전담요원 1명으로 요건을 충족할 수 있는 경우가 있어 초기기업에게 현실적인 선택이 될 수 있습니다. 이후 연구인력이 증가하면 기업부설연구소 전환 등을 검토할 수 있습니다.
Q. 연구소 설립 후 어떤 서류를 지속적으로 관리해야 하나요?
연구인력 현황, 연구개발 과제, 연구계획 및 실적, 연구노트, 연구개발비 관련 자료 등 실제 R&D 활동을 입증할 수 있는 자료를 지속적으로 관리하는 것이 좋습니다.
Q. 연구노트는 반드시 작성해야 하나요?
네. 반드시 작성하셔야 하며, 관리기관의 불시 점검 시 기업부설연구소나 연구개발전담부서의 취소 조건이 될 수 있으며 그에 따라 세제 혜택에 대한 불이익이 발생될 수도 있습니다.
Q. 기업부설연구소 인정 후 현지 불시점검 확인이 나오기도 하나요?
네. 신고된 연구인력과 연구공간 등이 실제 인정요건을 유지하고 있는지 확인할 수 있으므로, 최초 인정만 받고 관리하지 않을 경우 기업부설연구소나 연구개발전담부서가 취소될 수 있습니다.
Q. 연구원이 퇴사하면 연구소 인정에 문제가 생기나요?
퇴사로 인해 최소 연구전담요원 수를 충족하지 못할 수 있으므로 즉시 인력현황을 확인해야 합니다. 변경사항 신고와 대체인력 확보 등 필요한 조치를 진행해야 합니다.
Q. 연구소 설립이 벤처·이노비즈 인증에 어떤 도움이 되나요?
연구조직, 연구인력 및 지속적인 R&D 활동을 객관적으로 보여주는 기반이 될 수 있습니다. 하지만 연구소 인정만으로 벤처나 이노비즈가 자동 취득되는 것은 아닙니다.
기업부설연구소·전담부서 컨설팅 기간·비용
- 컨설팅 기간
- 2주 내외
- 컨설팅 비용
- 90만원~
- 부가세 별도
- 비용 산정 기준
- 4년제 이공계 직원 보유 필수 또는 경력증빙 필수
컨설팅 기간은 접수 준비가 끝나는 시점까지이며, 접수 이후 심사 일정은 기관에 따릅니다. 인증 취득을 보장하지 않습니다.
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