기업부설연구소를 설립할 때 연구소장(책임자)을 누구로 세울지에서 막히는 기업이 많다. 그런데 이 문제의 출발점부터 잘못 알려져 있는 경우가 흔하다. 현행 법령에는 연구소장만을 위한 학력·경력 자격기준이 없다. 실제로 걸리는 지점은 연구소장이 겸하는 연구전담요원 자격기준과 상시 재직 요건이다. 무엇이 법으로 정해져 있고 무엇이 아닌지부터 정리한다.
공식 기준 및 참고
기업부설연구소와 연구개발전담부서는 KOITA 연구소·전담부서 신고관리시스템(rnd.or.kr), 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」과 같은 법 시행령·시행규칙(2026-02-01 시행), KOITA FAQ·공지사항, 국세청 세제 기준을 함께 확인해야 한다. 업종 인정, 연구전담요원 자격, 연구소장 요건, 변경신고 기한, 인정취소·재신청, R&D 과제 가점과 세액공제는 사유와 공고에 따라 달라질 수 있으므로 공식 시스템 안내와 담당기관 답변을 우선 기준으로 삼는다.
연구소장이란 무엇인가
연구소장은 기업부설연구소의 연구 활동을 총괄하고 책임지는 자리다. KOITA에 연구소 인정 신청 시 반드시 등록해야 하며, 적격 요건을 갖추지 않으면 신청 자체가 불수리된다.
핵심 자격 요건
1. 재직 요건 (필수)
연구소장은 반드시 해당 기업의 상시 재직 임직원이어야 한다. 외부 자문위원이나 프리랜서는 연구소장이 될 수 없다.
2. 학력·경력 요건 — 법령에 별도 기준이 없다
먼저 사실관계를 분명히 해 둘 필요가 있다. 현행 법령은 연구소장 자체의 학력·경력 자격기준을 따로 정하고 있지 않다.
2026년 2월 1일 시행된 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」과 같은 법 시행령·시행규칙, 그리고 「기업부설연구소와 연구개발전담부서 신고요령」(과학기술정보통신부고시 제2026-6호, 2026-02-01 시행)을 통틀어 자격기준이 규정된 대상은 연구전담요원이다(시행규칙 제2조제4항·제6항·제8항). 연구소장은 시행규칙 제5조제1항제2호라목에서 변경신고 대상 항목으로 등장하고, 별지 제4호서식 '연구개발인력 현황'에 기재란이 있을 뿐이다.
따라서 "연구소장은 이공계 학사 이상이어야 한다", "경력 몇 년 이상이면 대체된다" 같은 단정은 현행 법령 근거로 뒷받침되지 않는다. 이 글에서는 근거를 확인할 수 없는 자격 수치를 적지 않는다.
3. 실무에서 실제로 작동하는 기준 — 연구전담요원 자격
현실적으로 연구소장은 대부분 연구전담요원을 겸한다. 이 경우 적용되는 것은 연구소장 요건이 아니라 연구전담요원 자격기준(시행규칙 제2조제4항)이며, 인원 산정에도 포함된다.
- 자연계분야 학사 이상 또는 기술·기능 분야 기사 이상 자격이면 기업 규모와 무관하게 인정된다.
- 중소기업이라면 전문학사 + 경력 2년 이상, 산업기사 + 경력 2년 이상 등 완화 기준도 적용된다.
- 산업디자인 분야나 (유흥 등 관련 분야를 제외한) 서비스 분야를 주 업종으로 하는 기업은 학사 이상 학위만으로도 인정될 수 있다(같은 조 제6항).
4. 대표이사가 연구소장을 겸하는 경우
대표이사가 연구소장 직함을 갖는 것 자체를 막는 규정은 없다. 다만 연구전담요원까지 겸해 인원에 산입하려는 경우에는 제약이 있다. 시행규칙 제2조제8항제2호다목은 대표자·감사·비상임이사 등 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람을 연구전담요원에서 배제하되, 창업일부터 3년이 지나지 않은 소기업의 대표자로서 연구개발 관련 업무를 하는 사람은 예외로 둔다.
법 제9조제1호도 같은 취지다. 연구를 전담하는 사람은 생산·판매·영업 등 다른 업무를 겸할 수 없으나, 창업 3년 미만 소기업의 연구소 근무자가 그 소기업 대표자를 겸하는 경우는 제외한다.
연구소장 변경 시 주의사항
연구소장이 퇴사하거나 교체될 경우, 한국산업기술진흥협회(KOITA) KOITA 연구소·전담부서 신고관리시스템에서 변경 신고를 지체 없이 해야 한다. 미신고 상태가 지속되면 인정 유지 요건 위반으로 간주될 수 있다.
- 기업부설연구소장은 시행규칙 제5조제1항제2호라목의 변경신고 대상이며, 신고 기한은 변경신고 사유가 발생한 날부터 30일 이내다(시행령 제7조제2항)
- 신고사유 발생일부터 1년 이내에 신고하지 않으면 인정취소 사유가 된다(법 제8조제1항제5호)
- 후임 연구소장을 연구전담요원으로도 등록한다면 연구전담요원 자격기준을 충족해야 한다
실무에서 자주 발생하는 오류
- 연구소장을 연구전담요원으로 함께 올리면서 연구전담요원 자격기준(시행규칙 제2조제4항)을 확인하지 않아 인원 산정에서 빠짐
- 기획·마케팅 업무를 겸하는 인력을 연구전담요원으로 등록하려다 법 제9조제1호 겸직 금지에 걸림
- 창업 3년이 지난 소기업의 대표자를 연구전담요원으로 등록하려다 시행규칙 제2조제8항제2호다목 결격에 해당
- 경력 증빙 서류(재직증명서, 업무 확인서 등)를 갖추지 않아 보완 요청
- 외부 교수·전문가를 소장으로 신청하다 재직 요건 미충족으로 불수리
- 소장 퇴사 후 변경 신고를 미루다 사후관리 조사에서 지적
준비해야 할 서류
연구소장 적격성 증빙을 위해 일반적으로 아래 서류가 필요하다.
- 최종 학력 증명서 (졸업증명서 또는 학위증명서)
- 재직증명서 (해당 기업 발급)
- 연구·기술 분야 경력을 확인할 수 있는 서류 (경력증명서, 국민연금 가입증명 등)
- 이력서 (한국산업기술진흥협회(KOITA) 양식 또는 자체 양식)
마무리 — 연구소장 선정, 처음부터 꼼꼼하게
연구소장 자리는 "법이 정한 소장 자격"을 찾을 게 아니라, 그 사람이 연구전담요원 자격기준을 충족하는지와 상시 재직 요건을 갖췄는지로 따져야 한다. 결격 사유(대표자·주간 대학원생·6개월 이상 연구 수행 불가 등)에 걸리지 않는지까지 확인하고 인물을 선정하는 것이 시간과 비용을 아끼는 길이다.
혁신기술경영인증지원센터는 기업부설연구소 설립 요건 검토부터 신청 서류 준비, 한국산업기술진흥협회(KOITA) 심사 대응까지 실무 전반을 지원하고 있다. 연구소장 요건이 불확실하다면 사전 상담을 통해 확인해 보시기 바란다. 자세한 내용은 www.mbiz-certcenter.com 에서 확인할 수 있다.
